在局部受伤后，伤口通常需要一个无菌状态的恢复过程，建议伤口表面除了一般的消毒液和纱布覆盖外，不要使用其他物品进行涂抹，包括木瓜膏，以免伤口抹了木瓜膏反而更严重。
木瓜膏是一种外用药膏，具有一定的去疤、滋润，以及去除色素沉着等功效，但是木瓜膏不能像临床使用的消毒液，如碘伏、酒精等，对细菌起到抑制和杀灭作用，而伤口的恢复需要人体良好的营养、局部充足的血供、皮肤无张力，以及无菌、清洁、相对干燥的环境，所以如果木瓜膏用于伤口表面，不能保持伤口无菌性、干燥性，反而会导致局部伤口感染，出现情况加重的现象。因此，对于正在愈合的伤口和感染伤口，不建议使用木瓜膏。
木瓜膏有消肿止痛、去除色素沉着等功效，所以可以用于伤口已经充分愈合过后，局部软组织仍然有肿胀的情况。局部伤口愈合过后留下的色素沉着，也可以用木瓜膏来减轻瘢痕及色素沉着。