舌根发苦、口臭可能是由于生理性因素所致，也可能是病理性因素所致，病理性因素可见于肝火旺盛、脾胃虚弱，患者可根据自身情况，在医生指导下服用药物进行治疗。
一、生理性因素：
如果不注意口腔卫生，用完晚餐之后没有刷牙就直接入睡，会导致食物残渣在口腔内残留，滋生细菌，第二天早晨起床可能会出现舌根发苦、口臭等症状，这种情况属于正常的生理现象，不必过于担心，日常生活中可多注意口腔卫生，早晚刷牙，对于舌根发苦、口臭的症状可起到一定的改善效果。
二、病理性因素：
1、肝火旺盛：肝火通常是指由于肝的机能亢盛，所产生的火超过人体正常承受度，从而演化为火邪，肝火旺盛向上容易上炎头目，导致口苦，而且肝火旺盛也会影响身体的排毒能力，导致毒素在体内堆积、发酵，则会产生难闻的气味，导致口臭，从而使患者出现舌根发苦、口臭的症状，患者可在医生指导下服用舒肝丸、龙胆泻肝丸等药物进行治疗；
2、脾胃虚弱：通常可由饮食因素、过度劳累、年老体弱、大病初愈、思虑太多等因素导致，脾胃虚弱会影响脾胃的运化功能，导致患者吃进去的食物不能被很好地消化，食物长时间堆积在体内会产生酸腐臭味，导致患者出现舌根发苦、口臭的症状，患者可在医生的指导下服用香砂养胃丸等药物进行治疗。