艾灸对卵巢囊肿有一定的辅助治疗作用，但不能仅依靠艾灸来治疗卵巢囊肿。如果出现卵巢囊肿，主要建议患者到正规医疗机构就诊，在就诊的前提下，可以在医生指导下配合中医艾灸进行辅助治疗。
中医认为，卵巢囊肿通常是由于患者的血瘀和痰湿互结所致，如果是比较大的卵巢囊肿建议采用手术的方式治疗，如卵巢囊肿切除术。如果患者的卵巢囊肿没有达到手术指征，可以配合中医艾灸进行辅助治疗。艾灸具有温经散寒、扶阳固脱、消瘀散结、保健等作用，对于痰湿比较明显的患者可以艾灸丰隆穴，对于血瘀比较明显的患者可以艾灸子宫穴、归来穴、中极穴等，对于卵巢囊肿的治疗具有辅助作用。
但并非每个患者都适合艾灸治疗，对于艾灸过敏的患者，可能会在闻艾烟后出现比较明显的鼻子痒、咳嗽、流鼻涕、打喷嚏等过敏表现，此时不建议进行艾灸治疗。如果患者有卵巢囊肿想配合艾灸治疗，一定要到针灸科请针灸医师，根据症状、体征、舌苔、脉象等四诊合参，判断患者的体质是否适合进行艾灸。
卵巢囊肿患者进行艾灸前，需要注意避免进食过饱或饮酒，艾灸时要注意避免温度过高，以免烫伤皮肤。而在艾灸后需要避免用冷水漱口或喝冷水，避免影响毒素的排出。