卵巢巧囊一般指卵巢巧克力囊肿，属于比较严重的卵巢疾病。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢深部，经血液潴留形成的囊肿，积血多呈巧克力糊状，常因表面出血或囊壁破损而与邻近器官粘连，进而出现月经紊乱、痛经、不孕等表现，一般可通过手术切除。
正常情况下子宫内膜位于子宫腔内，月经来潮时子宫内膜剥脱后形成月经排出体外，而异位到卵巢的子宫内膜在正常月经来潮时也会脱落，但位于卵巢部位的子宫内膜无法脱落到体外，因此会积聚在卵巢部位，形成卵巢巧克力囊肿，对卵巢组织造成一定的破坏。在经期时卵巢巧克力囊肿有可能会破裂，一旦破裂患者会出现剧烈的下腹痛，同时伴有恶心、呕吐等症状，容易继发感染，需要及时至医院就诊给予抗炎治疗，常用青霉素等，必要时需要通过手术切除局部病变。
卵巢巧克力囊肿对卵巢组织有一定的破坏，可以影响输卵管的拾卵作用，影响正常妊娠或者造成不孕，建议及时就医治疗。