萆薢的毒性主要体现在肝肾毒性方面，而副作用主要是在用药不当后产生，可能会损耗肾阴、引起脾胃不适等。萆薢多以方剂配伍使用，比如萆薢分清丸等，需要先通过辨证分型后确定适应证，再合理使用，才能保证用药的安全与疗效。
1、毒性：中药药理学认为萆薢本身并不会对人体产生太大的毒性，但如果大量、长期口服，或者炮制方法不当，均容易引起肝肾功能的损害，甚至会导致肝肾衰竭。特别是对于本身存在肝肾功能不全、恶性高血压、糖尿病的患者，毒性损害会更为明显。不过，正确的炮制、配伍方式及合理用药，均不会引发毒性积累，可以保证用药安全性；
2、副作用：如果药物使用不当，没有经过合理的辨证后应用，可能会产生一系列副作用。由于萆薢及其配伍方剂多用于淋证的治疗，具有温肾利湿的作用，如果患者属于肾阴不足、肾精亏虚的证型，则会导致病情加重。此外，如果过度使用此药物，可能会加重胃肠负担，刺激消化道，引起胃痛、腹泻等表现。而对于该药物成分有过敏情况的患者也要禁用，以免引起不良反应。