结肠炎归属中医“痢疾”、“久痢”、“肠澼”等病范畴，临床上一般分为大肠湿热证、热毒炽盛证、脾虚湿蕴证等七个证型。由于个体差异，中药方剂常为一人一方，欲求中医治疗的患者，建议在经过专业中医师的辨证后，遵医嘱用药治疗。
1、大肠湿热证：以腹泻、便下黏液脓血、腹痛、里急后重为主要表现。治宜清热化湿、 调气和血。代表方为芍药汤，由白芍、黄连、黄芩等中药组成。若脓血便明显, 加白头翁、地锦草等，若血便明显，加地榆、槐花等；
2、热毒炽盛证：以便下脓血或血便，量多次频、腹痛明显、发热为主要表现。治宜清热祛湿、凉血解毒，代表方为白头翁汤，由白头翁、黄连、黄柏、秦皮组成。若血便频多，加仙鹤草、紫草等，腹痛较甚，加徐长卿、白芍等，发热者，加金银花、葛根等；
3、脾虚湿蕴证：以黏液脓血便、白多赤少，或为白冻腹泻便溏夹有不消化食物为主要表现。治宜益气健脾、化湿和中。代表方为参苓白术散，由党参、白术、茯苓等中药组成，若大便白冻黏液较多者，加苍术、白芷等，久泻气陷者，加黄芪、升麻等；
4、寒热错杂证：以下痢稀薄、夹有黏冻、反复发作、肛门灼热、腹痛绵绵为主要表现。治宜温中补虚、清热化湿，代表方为乌梅丸，由乌梅、黄连、黄柏等中药组成。若大便稀溏，加山药、炒白术等，久泻不止者，加石榴皮、诃子等；
5、肝郁脾虚证：以情绪抑郁或焦虑不安，常因情志因素诱发大便次数增多，大便稀烂或黏液便、腹痛即泻，泻后痛减为主要表现。治宜疏肝理气、健脾化湿，代表方为痛泻要方合四逆散，由陈皮、白术、白芍等中药组成，若腹痛、肠鸣者，加木香、木瓜等，腹泻明显者加党参、茯苓等；
6、脾肾阳虚证：以久泻不止、大便稀薄、夹有白冻，或伴有完谷不化、甚则滑脱不禁、腹痛喜温喜按为主要表现。治宜健脾补肾、温阳化湿，代表方为附子理中丸合四神丸，由制附子、党参、干姜等中药组成，若腰酸膝软，加菟丝子、益智仁等，畏寒怕冷，加肉桂等，大便滑脱不禁，加赤石脂、禹余粮等；
7、阴血亏虚证：以便下脓血、反复发作、大便干结夹有黏液便血、排便不畅为主要表现。治宜滋阴清肠、益气养血，代表方为驻车丸合四物汤，由黄连、阿胶、干姜等中药组成。若大便干结，加麦冬、玄参等，若面色少华，加黄芪、党参等。