肛门脓肿和痔疮都为肛肠外科常见病，至于哪一个比较严重，在临床上不能一概而论，需要根据具体的病情来判断。但总体来说，肛门脓肿患者的痛苦程度会比痔疮患者更明显，治疗上也会起来比痔疮更为复杂。
1、肛门脓肿：是肛门周围的一种细菌感染性疾病，一般多见于男性患者，可能与体内雄激素水平高有关系。常表现为肛周的红、肿、热、痛，往往患者表现的痛苦程度比较大。如果感染控制不好，还可能会波及到肛门直肠周围间隙，从而引起高位脓肿，甚至可能会出现全身症状，比如发烧，此时会比较严重。此病一旦确诊，建议早期积极遵医嘱采取抗生素治疗，使病情及时得以控制，减少患者的痛苦，而且多数患者发现病情时会合并脓肿成熟，通常还需要行肛周囊肿切开引流。此外，还有可能会存在肛瘘，这种情况下则需要采取二期肛瘘手术治疗。对于高位肛瘘，还需要采取挂线治疗，患者后续治疗会比较痛苦，伤口愈合时间也会比较长，有可能个别患者会复发且要反复治疗；
2、痔疮：在临床上可分为内痔、外痔以及混合痔三种情况，临床表现常为肛门肿物、大便带血等。早期轻度痔疮患者并无明显症状，因此相对来说 痛苦程度要比肛门脓肿轻，并且通过调节饮食结构，保持大便通畅，再加上配合肛门内局部用药，如痔疮膏，可以及时控制病情，症状也会好转。而严重痔疮患者，往往需要予以手术切除痔疮，术后的恢复期比肛门脓肿短。