做肠镜检查时医生持镜从肛门进镜，逆行向上通过直肠进入结肠，最终到达回盲部。患者换上医院备好检查专用的裤子，需要把肛门以及屁股的位置露出来，才可以方便检查，因此做肠镜下身需要光着。
肠镜检查的患者在检查前需要把自己的裤子脱掉，换上检查裤，把肛门和屁股的位置露出来，同时要采取侧卧位，这样管道才可以从肛门进入，对大肠进行全面的详细观察，最深可进入到小肠末端。医生通过目镜或显示屏看到大肠腔及肠壁的变化情况，观察局部是否存在息肉或者是否发生癌变，检查过程中不把裤子脱掉难以顺利完成。
若部分患者觉得在检查中把裤子脱掉比较尴尬，建议在检查的过程中要保持心情放松，防止因紧张导致肛门口紧闭，对插入操作造成影响，反而会增加检查时间和检查难度。
做肠镜检查前，建议患者先向主治医生做好详细的咨询，以便做好检查前的准备工作，比如在检查前是否有空腹要求，空腹时间间隔要多久，在检查前一天是否要服用泻药来做肠道清洁处理。患有其他疾病的患者，还要了解清楚目前的疾病类型是否可以进行该项目检查。