头上有一颗肉痣，大多数情况下可能是因为皮内痣、寻常疣、扁平疣所导致。具体的处理方式，需要根据具体的致病因素，在医生指导下进行选择。
1、皮内痣：皮内痣是色素痣中常见的皮肤良性肿瘤，好发于颜面部、头皮以及颈部等，表现为疣状有蒂的丘疹或结节。通常皮内痣无需治疗，如果影响美观，可以采取手术的方法去除，且术后愈合较好，有小概率出现斑点状色素沉着。此外，虽然皮内痣恶变风险较低，但不排除感染后发生恶变的可能性，所以要避免搔抓、刺激皮内痣；
2、寻常疣：寻常疣是由人乳头瘤病毒感染而导致的皮肤良性增生病变，有些寻常疣可在几年内自行消退。如果需人工干预治疗，可以遵医嘱选择药物治疗，如外用水杨酸软膏、维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏，或是将注射用盐酸平阳霉素稀释后注射于疣体根部。对于用药无效者，可以考虑手术治疗，局麻后用刀片切除疣体即可。此外，还可选择冷冻、激光、电灼等物理疗法。
3、扁平疣：扁平疣也是由人乳头瘤病毒感所导致，当头皮皮肤出现破损，人乳头瘤病毒会通过破损处侵入，感染皮肤表皮细胞，并复制、增殖，引起细胞异常分化和增生，从而导致头上出现数目较多、顶部扁平的肉痣，偶有瘙痒。患者可遵医嘱使用重组人干扰素α2b凝胶、咪喹莫特乳膏等药物治疗，也可口服西咪替丁胶囊等免疫调节剂。此外，还可通过手术将自体疣植入皮下脂肪层，刺激机体释放细胞因子，产生抗病毒抗体，以清除表皮上的人乳头瘤病毒。