扁桃体隐窝是扁桃体的正常结构，隐窝的大小有个体差异，如果只是单纯的扁桃体隐窝偏大，没有其他症状，比如咽部疼痛、咽部异物感、咳嗽咳痰等不适，不需要特别治疗，定期复查即可。
扁桃体隐窝比较大，有部分人群会出现不适感，特别是在进食的时候，食物残渣容易积聚在扁桃体隐窝里面，会引起咽部异物感、咽部疼痛、扁桃体区域瘙痒不适感，还容易导致扁桃体发炎。对于这类扁桃体隐窝比较大的人群，在进食前后需要漱口，有助于保持口腔卫生，同时有利于将食物残渣从扁桃体隐窝里面排出来，缓解口腔异味，同时可以降低扁桃体发炎的概率。
部分扁桃体隐窝比较大的人群，隐窝内会因为咽部分泌物集聚、食物残渣集聚、炎性物质集聚，导致扁桃体结石，会引起咽部异物感、口腔异味等不适，需要定期到耳鼻喉科门诊就诊，在喉镜的引导下进行扁桃体结石清理，而且需要定期清理。少部分患者扁桃体结石特别多，通过保守治疗效果不佳，需要考虑做双侧扁桃体切除术。