内镜色素检查在临床一般指色素内镜检查，属于特殊的胃镜检查方式，可以更进一步了解胃黏膜病变的性质，排除存在胃部恶性肿瘤病变的可能性。色素内镜检查可以和普通胃镜互补，增强胃镜对胃黏膜病变的诊断能力。
色素内镜检查是指在胃镜检查过程中，使用各种色素或染料对胃黏膜病变进一步观察，以排除胃黏膜细微结构异常的内镜检查方式，包括碘染色检查、靛胭脂染色、NBI胃镜染色等。通过碘染色可以排除食管黏膜上皮内瘤变或早期食管癌；通过靛胭脂染色可观察胃黏膜是否存在区域腺体结构紊乱；而通过NBI染色可明确胃黏膜是否有局部腺管以及血管的紊乱消失，从而排除早期食管癌或早期胃癌。
临床在进行内镜色素相关检查前，一定要将食管以及胃黏膜表面的黏液清洗干净，否则易导致局部结构显示不清楚。患者可以在术前口服去泡剂，比如西甲硅油、二甲硅油散，或者用盐水冲洗干净要观察的黏膜表面黏液。