头颅多普勒通常是指经颅多普勒超声，与脑核磁共振血管成像属于完全不同的两种检查方法。若有需要，应在医生指导下针对不同疾病，选择不同检查方法，效果也具有一定差异，故不能判断两者哪个更准一些。
1、经颅多普勒超声：主要是利用颅骨自然薄弱的部位，例如颞骨鳞部、枕骨大孔、眼眶等作为检测声窗，对颅底动脉血流动力学进行评估。因为人体颅骨较厚，经颅多普勒超声能够穿透颅骨较薄处及自然孔道，获取颅底主要动脉的多普勒血流信号，能够探测到大脑中动脉、大脑前动脉、大脑后动脉、前交通动脉、后交通动脉、眼动脉、椎动脉等部位，常用来检测脑动脉狭窄或闭塞、脑动脉血管畸形等；
2、脑核磁共振血管成像：采集方法有两种，包括时间飞越技术和相位对比技术。时间飞越技术是利用磁共振成像，通过射频脉冲作用，使静止组织质子处于饱和状态，与未饱和的血液形成明显差别。而相位对比技术是在外加梯度磁场作用下，流动质子产生相位变化，利用相位差别成像进行判断。临床上主要用脑核磁共振血管成像，检测冠状动脉狭窄、蛛网膜下腔出血、冠状动脉畸形等情况。