肝素对肝功能的影响，因人而异。一般情况下，对于不存在肝功能不全的人群，在遵医嘱正确使用肝素时，对肝功能的影响较小。但对于既往存在肝功能不全的患者，使用肝素可能导致肝细胞受损，造成肝功能异常。
肝素是临床常用的抗凝剂，进入体内后主要在肝脏中进行代谢，并通过肾脏排泄，可能对肝功能产生少量影响。如果患者有慢性肝病，如慢性乙型肝炎、酒精性肝病等，在应用肝素抗凝治疗急性心肌梗死、急性脑梗死时，可能会加重肝病症状，因此需要定期监测肝功能。如果发现谷丙转氨酶、谷草转氨酶、谷氨酰转肽酶明显升高，甚至出现黄疸，说明肝功能出现损伤，应及时停用肝素。如果患者存在严重肝硬化，此时不能使用肝素，容易引起肝素在体内大量蓄积，引起全身出血等严重并发症，危及患者生命。
使用肝素后应该及时监测凝血机制，定期检查凝血酶原时间、凝血酶原活动度。如果出现明显凝血时间延长，或皮下出血、消化道出血、鼻出血、阴道出血等情况，应该及时停用肝素，必要时给予鱼精蛋白进行解毒治疗。