腋下皮脂腺囊肿不经过治疗，通常不会自愈。因为皮脂腺囊肿主要是由于皮脂腺被灰尘、油脂等阻塞，或者细菌感染引起排泄障碍，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿，并不会被皮肤自行吸收。
皮脂腺囊肿即便在外力作用下或者感染后自行破溃而暂时消退，但是由于囊壁并没有排出体外，囊肿还是会比较容易复发。因此一旦确诊为皮脂腺囊肿，则需要手术切除囊肿，并尽量把囊肿完整摘除，避免残留囊壁，导致疾病复发。
发现腋下皮脂腺囊肿后应该避免挤压，防止发生感染。饮食上也应清淡饮食，避免高甜、油炸、辛辣、肥腻及其他高热量食物，减少油脂分泌。平时生活中患者应该注意养成良好的卫生习惯，尤其是对于油脂分泌旺盛的部位，需要做好个人卫生清洁，避免污垢堵塞皮脂腺管，如果皮肤发生破损，应尽早对伤口进行消毒，避免局部皮肤感染，促使皮脂腺囊肿形成。