桉树确实会释放挥发性芳香类物质，但桉树是无毒树种，其散发的气味本身对人体没有明显危害。但若使用毒性化工产品给桉树施肥，可能会吸收部分毒素，且毒素可能随气味挥发进入空气中，从而对人体产生部分刺激性。可在一定程度上影响人体健康，如可能会出现头晕、呼吸不畅等症状。此外，如果有致病细菌寄生于桉树上，可能会随桉树气味挥发，在呼吸过程中被人体吸入，从而影响人体健康。
桉树是格特变种的自然栖息处，格特变种和新生变种都属于新生隐球菌，而新生隐球菌是引起隐球菌病的主要原因。人体通常是通过呼吸道，吸入环境中气溶胶化的新型隐球菌孢子而发生感染。该病的主要临床症状可表现为慢性溃疡，局部肿胀呈结节状。隐球菌病的潜伏期可为数周至数年不等，临床表现也各不相同，可表现为无症状性疾病局部肺病或播散性病变。容易使机体的中枢神经系统受到感染，可能会引发脑膜炎，部分患者还可能会出现局灶性的颅内肉芽肿，称为隐球菌瘤。