甲胎蛋白异质体由原发性肝癌的癌细胞产生，能够与小扁豆凝集素结合，是甲胎蛋白的一种，与其他情况下产生的甲胎蛋白有不同的生物特性。甲胎蛋白异质体与甲胎蛋白的主要区别在于特异性和敏感性不同，以及糖链结构不同。
1、特异性和敏感性不同：在明显肝损伤的情况下，可能同时伴甲胎蛋白一过性升高，此类甲胎蛋白不可与小扁豆凝集素结合，并且会随肝功损伤好转，肝功生化指标可逐渐恢复正常，甲胎蛋白也会逐渐下降。因此可通过检测甲胎蛋白异质体来鉴别原发性肝癌，而甲胎蛋白异质体相较于甲胎蛋白是诊断原发性肝癌特异性和敏感性更高的标志物；
2、糖链结构不同：甲胎蛋白异质体是不同组织细胞合成的甲胎蛋白，其糖链结构有所不同，对植物凝集素的结合能力也不相同，此类糖链结构不同的甲胎蛋白称为甲胎蛋白的亚型或变异体，也称为甲胎蛋白异质体。
一般情况下，如果甲胎蛋白异质体超过甲胎蛋白总量的25%，通常提示原发性肝癌引起的可能性较大，此时需尽快进行CT或核磁等影像学检查。若甲胎蛋白异质体未超过甲胎蛋白总量的25%，则其他原因导致甲胎蛋白升高的可能性较大。此外，肝癌患者确诊后，应积极采取化 疗以及手术治疗防止疾病恶化。