甲钴胺虽然是一种神经营养药物，但是这并不能说明它能够长期使用，在临床上，患者服用一个月甲钴胺后，如果症状没有缓解，则不能继续使用甲钴胺，以免引起维生素B12中毒。
甲钴胺主要适合患有周围神经病变的患者服用，例如多发性神经炎、带状疱疹神经痛、嵌压性神经损伤等。坚持服用一段时间的甲钴胺后，患者的神经纤维兴奋性、神经递质的传递速度都能得到有效提升。但如果服用一个月后，症状未见好转，则不宜继续使用，因为在连续服用一个月的甲钴胺后，体内的维生素B12含量会变成以前的2倍，容易引起维生素B12中毒，因此，是不建议长期服用甲钴胺的。长期服用甲钴胺还会引起一些副作用，如胃肠道反应，比如食欲不振、恶心呕吐、腹泻等症状。
此外，部分特殊人群也不适合服用，如经常接触汞化合物的人群、儿童以及怀孕和哺乳期的妇女。