两边咬肌酸痛的原因比较多，可能为生理性原因导致，也可能为颞颌关节紊乱、腮腺炎、破伤风感染等病理性原因造成。建议前往医院进行相关检查，以明确病因。
一、生理性原因：
1、咬牙习惯：如果有夜磨牙或紧咬牙的习惯，在晚上休息的时候，就可能出现咬肌的过度持续收缩，就会产生一定的酸性物质沉积在咬肌中，因此会出现两边咬肌出现酸痛的症状；
2、咀嚼过度：有可能是刚刚咀嚼了硬物，而造成两边的咬肌酸痛。有一些人有嚼口香糖的习惯，或者喜欢吃比较硬的食物，例如牛肉干或者啃骨头，使两边的咬肌工作负担加重，产生大量的酸性物质沉积，在咀嚼完食物以后，就会感觉到两边的咬肌出现酸痛的症状。
二、病理性原因：
1、颞颌关节紊乱：颞颌关节紊乱病时，早期的表现为咬肌功能的紊乱，可能出现频繁过度收缩的症状，进而导致酸性物质的沉积，出现上述症状；
2、腮腺炎：在腮腺炎发作时，由于炎症反应可产生大量的炎症渗出物，会刺激腮腺部位产生疼痛、肿胀的症状。腮腺管经过咬肌的表面，会使炎症渗出物侵入咬肌，就会出现咬肌比较酸痛的表现；
3、破伤风感染：破伤风感染的患者在体内会产生痉挛毒素，可以通过局部神经细胞进行扩散，到达咬肌部位，使咬肌频繁收缩，产生大量的酸性物质沉积，从而会引起上述症状。
除了上述常见的原因外，牙周炎、牙龈炎、腮腺囊肿、腮腺肿瘤等原因，均可以引起上述症状。需要及时前往医院就诊，以免延误病情。