大部分患者发生流感后，可能有头疼症状，因为流感的常见症状是发热、咳嗽、咽痛、头疼，可能还有浑身疼痛症状，头疼一般可以随着病情好转逐渐好转。
流感是由流感病毒引起的急性呼吸道传染病，可以经飞沫传播，临床典型表现为突起畏寒、高热等全身中毒症状，呼吸道症状较轻。流感病毒感染人体后，可以发生全身扩散，如果流感病毒进入颅内，可能对颅内组织造成刺激，造成头疼、乏力等，且流感可以造成呼吸系统感染，患者的呼吸道黏膜受流感病毒感染而充血、水肿，患者呼吸受到影响造成氧气吸收减少，头部可能出现缺氧，也可导致头疼、昏沉等。流感通常有自限性，如果发生流感，患者在发热时可能伴有畏寒、疲劳、腹泻、呕吐等症状。如果流感病毒侵袭力较弱，机体抵抗力较强，可能没有头疼症状或者头疼比较轻微等。
如果患者在流感症状好转后仍然有头疼症状，需要引起重视，应及时到神经内科就诊，排除流感引起的神经系统病变或其他原因导致的头疼。如果患者在流感初期或发热时出现头疼、全身酸痛等症状，只需要对症处理，可遵医嘱应用磷酸奥司他韦胶囊、利巴韦林颗粒等抗病毒药物进行治疗，通常症状可以快速得到好转 。