0-3个月婴儿可以吃的益生菌比较多，包括双歧杆菌活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒，还有布拉氏酵母菌散、酪酸梭菌活菌散、地衣芽孢杆菌活菌颗粒等，需要配合医生进行使用，不要自行给婴儿使用。
1、双歧杆菌活菌散：双歧杆菌是婴儿肠道中的主要有益菌之一，能够帮助建立健康的肠道微生物群落，可以帮助促进胃肠道蠕动，需要配合医生进行使用。
2、枯草杆菌二联活菌颗粒：有助于改善肠道环境，对于有害细菌的生长，可以进行抑制，需要听从医生建议进行使用。
3、布拉氏酵母菌散：医生也有可能会使用此种药物，可以治疗急性腹泻，帮助婴儿的肠道恢复正常的功能，可以降低婴儿出现脱水情况的概率。
4、酪酸梭菌活菌散：能产生酪酸，对于维持肠道的健康是有帮助的，可以促进婴儿对于营养的吸收，注意不要自行使用，建议在医生的指导下进行使用。
5、地衣芽孢杆菌活菌颗粒：部分医生也会使用此种益生菌，具有较强的耐酸性，在胃酸中的存活率较高，可以到达肠道发挥调节菌群的作用。
此外，还有酪酸梭菌二联活菌胶囊等。开始使用益生菌后，家长需要密切观察婴儿是否有不良反应，如过敏、呕吐等症状出现，应立即停止使用并向医生报告。