根尖囊肿手术的利和弊各有不同，根尖囊肿是因牙齿龋变，以及牙髓和根尖炎症导致其根尖形成肿块。根尖囊肿手术一般是通过手术切除根尖处的肿块，并且及时进行常规的根管治疗以保留牙齿。
一、有利的方面：
1、防止疾病加重：如果通过根尖囊肿手术将囊肿彻底地清除掉，就可以避免囊肿逐渐增长对其根尖区、牙骨质的破坏，特别是对牙槽骨的侵蚀和破坏；
2、避免恶变：通过手术将囊肿切除以后，可以避免根尖囊肿逐渐的恶变等产生的严重不良后果；
3、改善牙周：将病灶切除后可以改善根尖区牙周的情况，例如牙槽骨、牙龈、牙周膜以及牙根，可以让牙齿保存的时间相对地延长。
二、有弊的方面：
1、仍会复发：根尖囊肿是复发率比较高的疾病，在手术之前建议先对其患牙进行根管治疗，通过根管治疗将牙髓腔内的牙髓组织彻底清除，并将根尖炎症去除，后期再进行根尖囊肿手术切除，可能治疗效果较好。如果只是单纯地进行根尖囊肿手术，可能会出现复发的情况；
2、损伤骨质：另外，根尖囊肿手术需要从牙槽骨上入路，需要将牙龈切开，并且可能会在牙槽骨上凿洞，会对骨质有一定的损伤；
3、其他：对部分根尖囊肿的患者，可能还需要进行牙根尖的切除，会使牙体受到一定的损害，并且牙龈周围的黏骨膜，以及血管也会受到损伤。
因此，建议根据患者根尖囊肿的大小、范围等，综合判断是否进行手术治疗，以及具体的手术实施方案。