利福平通常建议在清晨顿服，因为该药物的吸收一般受食物影响，当胃肠内有食物存在时，食物中的多价金属阳离子和蛋白质通常可以与利福平结合而影响其吸收效果。同时食物还可能导致胃排空时间延长，而药物吸收主要在小肠，当胃排空时间延长时就会导致药物进入小肠的时间延长，从而导致药物吸收延迟。
此外，胃肠排空时间通常在6小时左右，清晨胃肠通常已经完全排空，此时服用需要空腹服用的药物，可以将食物对药物吸收的影响降低。如不能清晨服用利福平，也应于餐前1小时服用，以免进食后影响利福平的吸收。
当空腹服用利福平时，因为没有食物的缓冲，药物对胃肠刺激相对较强，所以可能导致患者出现食欲减退、恶心、呕吐、腹泻、消化不良等不适。为减少药物对胃肠的刺激，可以在服药时增加饮水量，能够起到一定的稀释作用。另外服药后保持上身直立，也可以避免胃肠蠕动减弱造成局部药物浓度过高，而引起刺激。