由于前列腺包膜有一层脂质，对于部分药物具有一定的屏障作用，使多数抗生素难以渗入前列腺组织中，达到杀菌的目的。因此能穿透前列腺包膜的药物，通常需要具有良好的脂溶性，常见的包括喹诺酮类、大环内酯类、磺胺类等药物。这些药物常用于治疗慢性细菌性前列腺炎，但18岁以下的青少年，以及65岁以上的老年人禁忌使用。
1、喹诺酮类药物：包括左氧氟沙星、莫西沙星、氧氟沙星、环丙沙星、加替沙星等。此类药物属于广谱抗生素，抗革兰阴性菌活性强，可用于多种耐药菌的治疗；
2、大环内酯类药物：包括红霉素、阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素等，主要用于治疗需氧的革兰阳性球菌、革兰阴性球菌以及支原体、衣原体等病原体感染，属于快速抑菌剂；
3、磺胺类药物：包括复方新诺明、柳氮磺吡啶等，是传统的抗男性生殖系感染的药物，属于广谱抗生素，对于多数革兰阳性菌、革兰阴性菌及衣原体具有抑制、杀灭作用；
4、四环素类药物：包括米诺环素、多西环素等，属于广谱抗生素，对革兰氏阴性需氧菌和革兰氏阴性厌氧菌、立克次氏体、螺旋体等病原体，具有抑制、杀灭作用；
5、其他药物：部分头孢菌素类药物，例如头孢地尼、头孢克洛等，以及部分特殊抗生素，包括万古霉素、利福平等，具有穿透前列腺包膜的效果，也可用于治疗慢性前列腺炎，其中头孢菌素和利福平是广谱抗生素，万古霉素是窄谱抗生素。
临床上多数慢性前列腺炎，属于慢性非细菌性前列腺炎，此类患者以对症治疗为主，通常不需要使用抗生素进行治疗。常用的药物包括α受体阻滞剂，比如哌唑嗪、特拉唑嗪、阿夫唑嗪，或者β2受体激动剂，包括沙美特罗、福莫特罗等。