多数人服用卵磷脂，一般不会出现明显的副作用，但也有部分人群服用后可能会出现神经、呼吸、胃肠道等方面的副作用，对于卵磷脂过敏或者是处于妊娠期、哺乳期的人，应该禁用卵磷脂，避免出现其他不适表现。
卵磷脂具有改善人体神经功能障碍、增强记忆力、降血脂等作用，临床上主要用于治疗肝炎、脂肪肝、动脉粥样硬化、神经衰弱等疾病。但有些人群服用后会出现食欲不振、血压下降等副作用，神经方面可能会出现头晕、头痛、眼花等症状，少数人呼吸方面会伴有呼吸困难、气喘、咳嗽等不良表现。除此之外，服用卵磷脂后也可能会对消化道产生一定影响，出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、口臭等表现，甚至会引起过敏性休克。对于痛风、消化性溃疡或者低碘的患者而言，也应该慎重考虑服用卵磷脂。
如果并不需要额外补充卵磷脂，一般不建议服用，以免引起机体的其他不适，且使用时应在专业医生指导下按时、按量服用。平时可以通过食物来补充日常机体所需的卵磷脂，比如蛋类、谷类、豆类、动物肝脏等食物。