喝了咖啡后通常不建议立即喝藿香正气水，二者存在功效冲突且可能加重身体不适，如需饮用应间隔一定时间并密切观察身体反应，同时要根据自身体质进食。
咖啡主要功效在于提神醒脑，得益于其中所含的咖啡因成分，咖啡因能够兴奋中枢神经系统，刺激大脑皮层，使人暂时摆脱困倦与疲劳，提高工作效率和注意力，而过度的兴奋会扰动人体的正气，消耗人体的精气神，尤其是对于本身气阴不足的人群，长期大量饮用咖啡可能会加重气阴两虚的症状，如出现心慌、气短、失眠、盗汗等表现。
藿香正气水由藿香、紫苏、白芷等多味中药组成，其性偏温燥，具有解表化湿、理气和中的功效，主要用于治疗外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等。
咖啡的兴奋耗气作用与藿香正气水的解表化湿、理气和中功效存在一定的冲突，藿香正气水主要是针对人体因外感或内伤湿邪导致的脾胃功能失调进行调理，其作用的发挥需要人体有相对平稳的气血运行环境，而咖啡的兴奋作用可能会扰乱人体正常的气血运行节奏，使藿香正气水难以精准地作用于靶点，从而影响其对病症的治疗效果。
对于体质敏感或特殊的人群，咖啡与藿香正气水同用可能会加重身体的不适，如本身脾胃虚弱且伴有失眠问题的人，咖啡的兴奋作用会加重失眠，而藿香正气水的温燥可能进一步刺激脾胃，导致脾胃不适症状如腹胀、腹痛加剧，甚至可能引起恶心、呕吐等不良反应。
如果因特殊情况需要在饮用咖啡后服用藿香正气水，建议间隔2-3小时，可以使咖啡在体内的兴奋作用逐渐减弱，减少对藿香正气水药效发挥的影响，也能降低二者相互作用引发不适的风险。