幽门螺杆菌感染通常不会引起头疼。幽门螺杆菌是定植于人体的胃黏膜，造成胃黏膜损伤的一种细菌，不会存在于人体的脑部，一般也不会定居于人体其他部位，所以通常不会引起头疼的症状。幽门螺杆菌感染之后，出现的大多是胃肠道不适症状，如上腹饱胀、食欲不振、腹痛、恶心、呃逆、反酸、口臭等症状。
引起头疼症状比较常见的是血管、神经系统疾病，如脑供血不足、血压过高、血管神经性头痛等，可以通过进行颅脑影像学检查或者脑血流图等检查帮助判断。患者可以遵医嘱服用止痛药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等暂时缓解头疼，再针对引起头疼的原因进行治疗。
幽门螺杆菌感染可能导致慢性胃炎、萎缩性胃炎、胃溃疡，甚至可能进展为胃癌，还会影响到消化系统的功能。若未及时处理还可能会并发一些全身性病症，如缺铁性贫血、营养不良、舌乳头萎缩、皮肤和毛发干燥枯萎，以及儿童身体、智力发育不良等。因此，有幽门螺杆菌感染的患者，不论有没有症状的出现，都应及时进行四联疗法根除治疗。