肺部感染的病人做NGS检查，主要的目的是辅助诊断以及指导治疗。NGS指下一代测序技术，有肺部感染的病人做该项检查通常是为了病原体宏基因测定，以评估是否存在病原体的DNA片段，从而判断有无某些病菌的感染。
NGS检查速度比较快，所检查的病原体范围广，而且对于某些特殊病原体，包括结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌、奴卡菌、放线菌、卡氏肺孢菌等有着较高的敏感性，而传统的痰培养很难查出上述致病菌，所以NGS检查对于病原体感染的诊断价值比较高。另外，对于普通的细菌性肺部感染病人，做NGS检查也有一定的临床意义，因为该检查比痰培养更快出结果，尤其是对于重症肺部感染的病人，有较高的应用价值。
但是NGS检查也有一定局限性，比如肺部感染病人做NGS检查，如果发现了阳性结果，不能像传统的痰培养等病原学检查一样进行药敏试验，无法明确病菌的药物敏感性，而且价格相对昂贵。因此肺部感染NGS检查不能够完全替代传统培养的方法，但可以作为痰培养、血培养等检查方法的补充。