肠镜检查后第二天肚子疼，可能是正常表现。但如果疼痛比较明显或伴有其他症状，比如大便出血，可能是不正常的情况，需引起注意并到医院进行检查，以及进行针对性治疗。
肠镜检查是消化内科比较常用的一种检查方法，属于内窥镜侵入性检查，通过肠镜可以检查肠道方面的问题。肠镜检查前需要对肠道进行清理，肠胃排空后开始进行肠镜检查。检查的过程中会注射生理盐水、气体，会对肠道黏膜造成刺激，部分患者可能有明显的疼痛感，大多数患者通过排气，一两小时后疼痛可以逐渐恢复。部分患者体质比较敏感，肠镜检查后一两天症状才能逐渐缓解，甚至有少数患者可能一周左右不适症状才会消失。所以，肠镜检查后第二天肚子疼、胀气，可能是正常表现。
但若腹部疼痛比较严重，或持续时间较长，或出现大便出血等症状，考虑和其他因素有关，如消化道出血和迟发性的肠穿孔。建议及时到医院就诊进行相关的检查，若是消化道出血，具有一定危险性，可能造成失血性休克，建议尽快手术治疗，避免病情进一步加重。