跑步就牙根隐隐作痛的原因比较多，常见于牙隐裂、楔状缺损、龋齿，以及慢性牙髓炎、慢性根尖周炎等疾病，建议及时到医院就诊，并积极配合医生进行针对性处理。
1、牙隐裂：牙齿受到外力冲击或长期咬合不当，导致牙齿出现细微裂纹，尤其当伤及牙本质时，跑步时冷空气对牙齿的刺激，容易引起轻微的疼痛。轻微隐裂可通过调整咬合或戴牙套保护，严重隐裂可能需要修复或拔牙。
2、楔状缺损：长时间不正确的刷牙方式，会导致牙齿颈部磨损，形成缺损，并使牙本质暴露，容易受到冷热刺激出现疼痛。需要改善刷牙方式，采用竖刷或旋转刷牙法，同时需要及时到医院进行修复治疗。
3、龋齿：口腔卫生不佳，细菌滋生导致牙齿腐蚀，随着病情发展可伤及牙本质而引起疼痛。当发现龋齿后，应及时就医清除龋坏组织，并填充修复材料。
4、慢性牙髓炎：牙髓长期受到刺激或感染，容易形成慢性炎症，没有明显的疼痛，但是跑步刺激会导致疼痛明显。需要及时进行根管治疗，清除感染牙髓并填充根管。
5、慢性根尖周炎：牙髓炎未及时治疗，炎症蔓延至根尖周组织，会引起根尖周炎，长时间会发展为 慢性疾病，也需要及时进行根管治疗，存在根尖周脓肿时切开脓肿引流。
此外，还可能与心脏病等疾病有关，需要通过心电图、心脏彩超等检查明确疾病。定期检查口腔健康状况，及时发现并治疗口腔问题。