坐着的时候阴囊不舒服，可能是生理性因素导致的，也可能是睾丸炎、精索静脉曲张、前列腺炎等病理性因素导致的。应该及时到医院男科就诊，确定病因以后再做针对性治疗。
一、生理性因素：
如果男性穿的内裤过紧，或者是坐姿不正确，对睾丸部位造成压迫，出现坐着的时候阴囊不舒服的情况。应当更换宽松舒适的内裤，并且改善不良坐姿，通常能够自行缓解，不需要进行其他处理。
二、病理性因素：
1、睾丸炎：如果睾丸被细菌感染，可导致阴囊出现疼痛、肿胀等症状，在坐着的时候可能会刺激阴囊，会使阴囊不舒服。确诊后需遵医嘱应用抗菌药物进行治疗，如头孢地尼分散片、盐酸环丙沙星片等；
2、精索静脉曲张：如果男性存在精索静脉曲张，久坐或者久站可能会导致病情加重，会使阴囊不舒服，表现为阴囊坠胀、隐痛等症状。确诊后需遵医嘱应用迈之灵片、地奥司明片等药物治疗，对于特别严重的精索静脉曲张，可考虑手术治疗，如腹腔镜下精索静脉高位结扎术；
3、前列腺炎：可能与久坐、长时间憋尿、过度性生活等因素有关，在坐位时前列腺充血，导致前列腺炎加重，会使阴 囊不舒服，还伴有会阴部胀痛、尿频等症状。确诊后，需遵医嘱应用盐酸左氧氟沙星片、盐酸坦索罗辛缓释胶囊等药物治疗。