胆囊炎的主要致病菌为革兰氏阴性杆菌，其中又以大肠杆菌最为常见，同时还可能合并厌氧菌感染，所以应该选择对革兰氏阴性杆菌敏感的抗生素，以及抑制厌氧菌感染的抗生素联合使用。首选头孢类抗生素，例如头孢哌酮钠、头孢唑肟钠、头孢地嗪钠等三代以上的头孢类药物，并联合奥硝唑或者甲硝唑一起使用。
对于头孢过敏的患者，可以尝试使用青霉素类抗生素，比如美洛西林钠、哌拉西林钠等。如果对青霉素类药物仍然过敏，可以选择喹诺酮类药物，比如左氧氟沙星、莫西沙星等，也要配合奥硝唑、甲硝唑、替硝唑等一起使用控制感染。
药物治疗适用于急性单纯性胆囊炎以及慢性胆囊炎，以及胆囊手术以后的抗炎治疗。而对于急性化脓性胆囊炎，如果症状比较严重，应该急诊手术治疗，因为该情况使用抗生素效果差，无法彻底治愈疾病，可能出现感染中毒性休克，从而危及生命。