新生儿室内消毒可用含氯的消毒剂，但建议根据消毒剂的使用要求进行稀释、调配，尽量不直接使用原液喷洒，以免浓度太高使新生儿处于刺激性环境中。并且消毒完之后一般不建议立马进入室内，可以适当通风之后再进入。
含氯消毒剂是指能溶于水，能产生次氯酸的消毒剂。次氯酸的杀毒机制就是能通过扩散到带负电荷的菌体表面，并通过细胞壁穿刺到菌体内部起氧化作用，破坏细菌的磷酸脱氢酶，使糖代谢失衡而致细菌死亡，还可分解成新生态氧将菌体蛋白质氧化等，其杀菌谱广、作用迅速，通常能杀死细菌繁殖体、病毒、真菌孢子及细菌芽孢，通过合适的稀释方式及使用方法，一般不会对人体导致毒副作用，因而可应用于新生儿室内消毒。
但考虑到其作为化学物品，尽量不要与皮肤、黏膜等直接接触，因此新生儿贴身及可能入口的物品则不宜用含氯消毒剂消毒，以免误食造成损伤。新生儿室内消毒一般不宜天天使用化学制剂消毒用品，一般建议保持每日通风，保持室内新鲜空气流通，给新生儿做好防护、保暖，并每周进行1次杀灭性消毒即可。