临床上艾灸神阙的功效并不只有六类，因此没有艾灸神阙的六大功效的说法，神阙为经穴名，中医将脐中部位称为神阙穴。艾灸神阙穴的功效较多，包括疏通经络、温阳益气，补肾纳气、温中健脾，宁心安神、熄风开窍，温阳补气、培肾固本，对于女性还具有温补下元、调节冲任的功效。此外经常艾灸神阙穴，能温通元阳，复苏固脱，具有良好的养生保健作用。但是对神阙穴进行艾灸时，由于暴露腹部，因此除神阙穴部位外其余部位需注意保暖。
1、疏通经络、温阳益气：艾灸神阙穴能使局部血管扩张，加快血液循环，调理肠道功能，从而刺激大肠蠕动，使大肠之津液充足，大便润则通；
2、补肾纳气，温中健脾：艾灸神阙穴在调理气机的同时，可补肾纳气、温中健脾，以改善体内水液代谢，从而达到塑形减肥、减轻水肿，改善痰湿体质的功效；
3、宁心安神、熄风开窍：若在艾灸神阙穴同时，将中药方剂功用、穴位刺激三者结合，通过艾灸的温和作用，利用脐部的药物吸收能力，将中药透过穴位，经过经络运达周身、脏腑。激发经气、疏通经络，调节脏腑功能，间接或直接起到疏肝解郁、宁心安神的功效，进而使患者睡眠状况得到改善，抑郁情绪得以缓解；
4、温阳补气、培肾固本：借艾灸温经通络的功效通过神阙穴透达肾与膀胱，缓解患者的里急后重、肛门灼痛、小便短赤；
5、温补下元、调节冲任：艾灸神阙穴对于女性具有温经散寒、活血化瘀、祛除寒湿的治疗功效，以改善女性患者宫寒症状，提高妊娠率。同时可以调节身体阴阳平衡，对卵巢早衰的治疗起到辅助作用；
6、温通元阳，复苏固脱：同时艾灸神阙与关元二穴，能通过艾火之力与经络腧穴的相互作用，以激发元阳，生化肾精，充实元气，从而产生防御疾病的功效。