月经干净第二天可以做肠镜，一般不会对身体造成影响，也不会对检查结果造成影响，不必过于担心。但如果月经干净第二天时身体状况不佳，如存在无力、贫血等情况，建议休息调整后再做肠镜。
肠镜是经肛门将肠镜循腔插入直肠，通过镜头观察结肠、直肠黏膜的变化。一般做肠镜前3天需要调整饮食，吃少渣、流质的饮食，如米粥、面条等，还需要提前一天进行空腹、排便、灌肠，使肠道内保持清洁，方便观察肠道黏膜。如月经干净第二天阴道流血完全停止，一般不会对肠镜造成污染，也不会出现不适症状，所以月经干净第二天可以做肠镜。但做肠镜可能需要进行麻醉，部分女性在月经刚结束时可能存在贫血、头晕等情况，需要待完全恢复后再做肠镜。
此外，严重的心脏疾病、心肺功能不全、高血压、急性腹泻、溃疡性结肠炎、结肠克罗恩病、腹膜炎、精神病等均为肠镜禁忌证，存在以上情况的患者，需要经医生判断是否可以做肠镜。