柴胡舒肝丸和舒肝解郁胶囊均具有舒肝解郁的作用，可用于治疗肝郁气滞引起的疾病，但是两种药物在剂型、药物组成、药物功效、主治疾病等方面有一定的区别。
1、剂型不同：柴胡舒肝丸属于丸剂，疏肝解郁胶囊属于胶囊剂型；
2、药物组成不同：舒肝解郁胶囊主要由刺五加和金丝桃组成，柴胡舒肝丸主要由柴胡、陈皮、枳壳、香附、乌梅、神曲、大黄、白芍等组成；
3、药物功效不同：除舒肝解郁的功效外，柴胡舒肝丸还可消胀除满，而舒肝解郁胶囊还具有健脾安神的功效；
4、主治疾病不同：柴胡舒肝丸主要用于治疗肝气犯胃证，如胸胁胀满不舒、饮食积滞、呕吐、吞酸或反酸烧心、腹胀、腹痛等。舒肝解郁胶囊常用于治疗肝郁脾虚证，如情绪急躁易怒、紧张不安、入睡困难或多梦早醒、胸闷、乏力、多汗、食少纳差等。