免疫荧光染色诊断是利用免疫荧光染色及显微镜做病理的一种诊断手法，通常用于检查免疫性疾病患者的各类标本。免疫荧光染色又叫做FISH，主要是通过荧光标记抗原抗体，观察抗原抗体反应的高度特异性来做疾病的诊断。比如乳腺癌组织中人表皮生长因子受体-2免疫组化染色显示2+，那么就必须做免疫荧光染色。免疫荧光染色诊断可以分为直接免疫荧光染色诊断和间接免疫荧光染色诊断。
1、直接免疫荧光染色诊断：所用的染色方法为直接染色法，直接染色法常使用被标记的特异荧光抗体，使之与抗原反应一段时间后，洗去未参加反应的抗体后在显微镜下观察，根据阴阳标本对照得出诊断结果；
2、间接免疫荧光染色诊断：所用的染色方法为间接染色法和抗补体染色法。间接染色法常用已标记和未标记的抗体分别与抗原反应，将形成的两种复合物再次结合形成新的复合物，洗去多余抗体后在显微镜下观察得出诊断。
免疫荧光染色诊断，应根据疾病的需要采取相应的检测方法。