13岁女孩卵巢囊肿可分为生理性卵巢囊肿、病理性卵巢囊肿，建议及时就诊以明确诊断，具体的治疗方法需要由医生指导，根据具体情况而定，不能一概而论。
1、生理性卵巢囊肿：比如由于黄体没有尽快萎缩而导致的卵巢囊肿，或者是卵泡黄素化所导致的卵巢囊肿，此类情况不用进行特殊处理，往往会自行消失，注意定期观察即可；
2、病理性卵巢囊肿：到目前为止，病因还未完全清楚。只要经过临床B超复查，卵巢囊肿直径没有大于5cm，通常定期进行复查，观察即可。如果卵巢囊肿直径大于5cm，建议在腹腔镜下进行卵巢囊肿剔除手术治疗。此外，如果是卵巢畸胎瘤，直径没有大于5cm的情况下，也建议进行手术治疗，因为畸胎瘤有可能会发生恶性病变。
对于13岁女孩患有卵巢囊肿，需要引起足够重视，建议在月经干净以后进行复查，排除生理性卵巢囊肿的可能性。而病理性卵巢囊肿在没有手术指征的情况下，可以每半年做一次B超检查，了解囊肿的生长情况，必要时也可以抽血检查妇科肿瘤标志物，排除恶性疾病的可能性。