一般头孢克肟用于治疗儿童常见的肺部感染、扁桃体炎、上呼吸道感染、鼻炎、鼻窦炎以及泌尿系感染等疾病，通常是由于大肠埃希菌、肺炎克雷伯杆菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌等造成的轻、中度细菌感染。儿童头孢克肟一般可以连续吃5-7天，但是头孢克肟用于治疗不同的疾病，用药时间也会有所改变，与疾病的严重程度有密切关系。
1、病情较轻：如上呼吸道感染，大多数是细菌感染引起，多数情况下头孢克肟可以连续吃3-5天；
2、病情中度：如扁桃体炎化脓或相对比较顽固的感染（如肺部感染），头孢克肟可以连续吃5-7天；
3、病情较重：如鼻炎或鼻窦炎、泌尿系感染等，相对来说病情比较顽固，头孢克肟可以连续吃7-14天，有利于巩固治疗效果。
儿童应用头孢克肟的剂量、疗程，以及每次用药的剂量需要由医生进行决定，不能自行盲目使用药物。当儿童应用头孢克肟治疗效果不好时，建议及时去医院就诊。可在医生指导下考虑更换其他药物进行治疗，如青霉素、红霉素等药物。