咳痰是借助支气管黏膜上皮的纤毛运动、支气管平滑肌的收缩及咳嗽反射，将呼吸道分泌物经口腔排出体外的动作。早上咳褐色的痰与长期吸烟，误吸各种刺激性气体、致敏物、粉尘有关。此外，慢性咽炎、肺炎球菌性肺炎、阿米巴肺脓肿等疾病，也可能导致早上咳褐色的痰。
早起时咳出的痰液为褐色，可能是患者由于慢性咽炎导致的长期咳嗽，反复的咳嗽破坏咽喉部黏膜导致出血，从而出现血痰。褐色及接近褐色的痰液，包括铁锈色痰，多见于肺炎球菌性肺炎。若是红褐色或巧克力色痰，多考虑阿米巴肺脓肿，砖红色胶胨样痰或带血液者常见于肺炎克雷伯菌肺炎。如果痰有恶臭味，提示为厌氧菌感染。
建议患者在医生的指导下使用抗生素，如青霉素、阿奇霉素等，以及止咳、祛痰药物，如沐舒坦、甘草片、川贝枇杷膏等药物进行治疗。如果情况仍未改善，建议患者及时进行检查，明确病因后，更便于治疗。