头孢克肟和利君沙不是同一类抗生素，因此没有办法单纯从药物方面比较两者的效果，需要针对患者具体感染的情况以及对药物的反应等进行分析，还要结合患者的具体临床情况，遵医嘱选择相应的药物进行治疗，对病情有效、不良反应较少、患者耐受性较好等才是用药评价的关键。
头孢克肟属于第三代头孢抗生素，为口服制剂，针对革兰氏阴性杆菌的效果较好，但是对革兰氏阳性球菌的作用弱于第一代、第二代头孢类抗生素，可用于治疗呼吸系统炎症、泌尿系统炎症、胆囊炎、中耳炎、猩红热等疾病，可能会发生过敏反应、胃肠道刺激、肝功能异常、血小板减少等副作用，通常不良反应的症状比较轻微，用药前需要追问患者既往用药，必要时可以行皮试，结果为阴性方可使用。所以，患者如果是革兰氏阴性菌或者革兰氏阳性菌感染，使用头孢克肟的效果要优于利君沙。
利君沙又叫琥乙红霉素颗粒，是大环内酯类抗生素，对于青霉素、头孢等β-内酰胺类抗生素过敏或耐药菌引起的感染效果比较好，亦可用于治疗支原体、衣原体、军团菌等感染。因此，如果患者存在支原体、衣原体等感染，使用利君沙的效果要优于头孢克肟。但是，该药常见的不良反应较为明显，服药后可能出现胃肠道刺激症状，如恶心、呕吐、腹痛等，还可能会出现肝毒性反应，比如黄疸、乏力、发热等。