良性胸腺瘤的预后通常较好，患者的生存时间常以5年生存率评估，根据肿瘤分型、伴发疾病、治疗方法、患者配合程度及心态不同，生存时间也有所不同。在胸腺瘤的分型中，A型、AB型属于良性肿瘤，B型属于交界性肿瘤，而C型则属于恶性肿瘤。如果经过积极治疗，主要是手术完整切除肿瘤后，A型胸腺瘤患者5年生存率可以达到90%，甚至基本治愈，AB型胸腺瘤可以接近80%。而如果患者伴有重症肌无力，5年生存率稍低，约为75%。影响良性胸腺瘤患者生存时间的因素，主要包括肿瘤侵袭性与是否伴发重症肌无力：
1、肿瘤侵袭性：因良性胸腺瘤具有完整纤维包膜，无周围粘连和浸润，通常侵袭性不高，可以手术完整切除。而手术是良性胸腺瘤的主要治疗方法，通常一经诊断便需尽早手术切除。如果肿瘤继续增长，可以压迫临近组织器官，产生明显临床症状，此类患者术后通常可以达到80%-90%的5年生存率，多数可以达到长期生存；
2、是否伴发重症肌无力：如果是伴发重症肌无力的良性胸腺瘤患者，预后主要取决于重症肌无力的严重程度，5年生存率较不伴重症肌无力的患者有所下降，约为75%。胸腺切除手术同样可以治疗重症肌无力，良性胸腺瘤的 患者术后治疗有效率可达到50%，此外还需激素治疗、放疗与化疗等综合治疗，以提高远期生存率。
所以良性胸腺瘤的患者需要保持乐观心态，积极配合治疗，尽早手术切除肿瘤，通常无需术后放疗或化疗。并且注意定期复查，通常良性胸腺瘤也较少复发，无需过度忧虑。