经颅多普勒和核磁共振属于两种不同的检查方式，主要的区别在于检查形式、检查目的，以及优势有所不同。如果存在脑部的病变，通常需要针对性进行检查，确诊后再进行治疗。
1、检查形式不同：经颅多普勒主要是通过B超的方式进行检查，判断是否存在颅内的病变。而核磁共振需要在磁场当中进行扫描检查，判断是否存在异常病变；
2、检查的目的不同：经颅多普勒检查，目的在于判断是否存在颅内血管方面的病变，同时对于囟门没有闭合的婴幼儿，可以检查脑组织的发育情况。而核磁共振可以判断是否存在颅内组织异常病变，比如脑肿瘤、脑血管疾病等；
3、优势不同：经颅多普勒检查通常没有明确的局限性，可以针对性地对血管方面的病变进行判断。而核磁共振检查可以发现颅内不同的病变类型，但存在一定的局限性，比如体内存在金属内固定或者有幽闭恐惧症的患者，不能进行这种检查。
如果通过检查发现异常的病理改变，需要根据严重程度尽早决定治疗方案。应防止后期病情加重，否则可能会引起脑组织损伤，诱发神经功能障碍的后遗症。