开颅术后通常不能完全恢复到原来的样子，或多或少会遗留一些并发症，如疤痕、疼痛、心理创伤，严重者可出现瘫痪，甚至昏迷不醒等。并发症的轻重程度还要结合开颅术的创伤大小、神经损伤的情况来看，而且根据病变和手术的情况，以及治疗的效果差异，患者恢复的程度会有所不同。
如果患者开颅术后创伤比较小，并发症比较少，如颅骨修补术，神经损伤比较轻，组织修复和伤口生长愈合顺利，患者基本恢复得会相对较好，遗留神经后遗症的可能性也比较低。
但如果开颅术后创伤比较大，并发症比较严重，如针对脑室占位性病变所进行的切除手术，患者相对来说出现长期意识障碍、瘫痪等严重并发症的风险较高。而且长期卧床的患者也易并发坠积性肺炎、深静脉血栓、压疮、代谢性酸中毒等疾病。在支持治疗和康复治疗不及时，以及效果不佳的情况下，患者难以恢复到原来的身体状态。