纤维支气管镜肺泡灌洗术是一种侵入性检查，是指通过纤维支气管镜或在气管插管下对目的肺段进行灌洗，回收小气道与肺泡灌洗液的一种检查及治疗手段。其目的是清除呼吸道中的沉积物、呼吸道分泌物、淤血凝块等，可起到治疗的作用。同时可对灌洗液进行细菌培养和病毒检测，获得较为准确的病原学结果，进而指导临床用药。
纤维支气管镜肺泡灌洗术在肺部感染病原学的诊断中具有重要价值，有利于深入了解肺部疾病的免疫病理过程。此外还可以清除痰栓畅通气道，改善肺脏气体交换功能，通过局部灌洗或注入药物可起到治疗作用。
尤其是在难治性肺炎、免疫损害者肺部感染等方面，由于难治性肺炎病情危重、病程迁延、疗效不佳，免疫受损者肺部感染由于机体抵抗力差，多为机会致病菌感染，病死率较高，而痰培养敏感性较低，难以确定病原。此时可进行纤维支气管镜灌洗，直接取材于病变部位，可使获得细菌的增多，另外还减少了口咽等部位对标本的污染，使结果的准确性更高，进而可使治疗更有效。