多重耐药菌是指临床上应用3类及以上抗菌药物，同时出现耐药的细菌，临床上常见的多重耐药菌主要有耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、耐万古霉素肠球菌、产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌、产超广谱β‐内酰胺酶肺炎克雷伯菌、耐碳青霉烯类大肠埃希菌、多重耐药铜绿假单胞菌、多重耐药鲍曼不动杆菌等。
1、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌：耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌主要以直接接触患者或间接接触毛巾、床褥等方式传播，故在接触耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的人群时，应戴好医用手套并及时洗手，避免交叉感染。对于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染，可使用万古霉素治疗；
2、耐万古霉素肠球菌：耐万古霉素肠球菌主要通过污染的环境、医疗用具，或经医务人员的手进行传播，故在耐万古霉素肠球菌患者护理前后，应注意戴好一次性手套，并注意及时洗手，对医疗器具进行消毒灭菌，以免传染。耐万古霉素肠球菌因对万古霉素耐药，故可使用利奈唑胺治疗；
3、产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌：产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌可通过呼吸机传播，故主要感染高龄、免疫力低、长期应用广谱抗生素的人群，可使用亚胺培南西司他丁钠治疗；
4、产超广谱β‐内酰胺酶肺炎克雷伯菌：产超广谱β‐内酰胺酶肺炎克雷伯菌主要经飞沫或空气传播，可出现砖红色胶冻样痰，对于此类细菌感染可使用亚胺培南西司他丁钠治疗；
5、耐碳青霉烯类大肠埃希菌：耐碳青霉烯类大肠埃希菌的特点是对碳青霉素类和其他β-内酰胺类抗生素失去功效，可使用头孢拉定、阿维巴坦或多粘菌素等药物治疗；
6、多重耐药铜绿假单胞菌：对5类抗菌药中的3类具有耐药性，主要通过氧气湿化瓶、淋浴头等渠道传播，是医院感染爆发的主要原因。对于多重耐药铜绿假单胞菌可使用多粘菌素、头孢拉定、阿维巴坦进行治疗；
7、多重耐药鲍曼不动杆菌：广泛定植于医院内的各种干燥或潮湿物品上，如门把手、机械通气设备等，主要通过间接接触传播，可使用多粘菌素、替加环素或二者联合进行治疗。