婴儿心脏小孔属于先天性心脏病的一种。是否可以自愈，需要根据心脏缺损的部位和大小决定。多数婴儿可以自愈，但部分婴儿不能自愈，建议进行手术治疗。
1、能自愈：可以做心脏彩超检查，明确婴儿心脏的小孔的类型和部位。为房间隔缺损或室间隔缺损时，心脏小孔大小＜5mm可能会自愈，同时测量值越小，后期自愈的概率越高。此外，一些在膜周部、基部的室缺很小时，可以自愈；
2、不能自愈：如果是特殊部位的房缺、室缺，如瓣下室缺，或嵴内型的室间隔缺损，以及二尖瓣、三尖瓣发生小的半裂时，自愈可能性较小。同时，如果是房间隔继发孔，或筛孔型的继发房间隔缺损，后期自愈概率较低，可能不会自愈。
有先天性心脏病的婴儿，应注意定期去医院复查，在日常生活中需避免剧烈运动，以及跑、跳等活动的进行。