长时间观看显微镜，对眼睛会有一定的伤害，可以引起视疲劳。看显微镜属于看近的状态，且由于显微镜需要光线的折射才能看清镜下的物体，因此同时需要光线充足，否则容易造成视疲劳。此外，由于精神的高度集中，眨眼的次数就会减少，所以长时间观看显微镜也会引起干眼。
当患有远视、近视、散光、老花眼时，看远看近眼睛都需要较大的调节力，从而使眼睛过分劳累，如果在观看显微镜时不注意休息，就更容易造成原有的屈光不正加重。在近视未得到充分矫正时，如果观察显微镜过近，就容易产生视疲劳。而散光时成像无法在一个点上结合，就需要使用眼球内睫状肌的调节作用，不断变换焦点，过度应用调节，如果观看显微镜时间比较长，睫状肌持续强直收缩，就会出现睫状肌的疲惫，也会导致相应的眼部神经疼痛，因此视疲劳的患者会有眼眶部疼痛的表现。
视疲劳是一种眼科的常见病，所引起的干眼、眼涩、眼酸胀、视物模糊，甚至视力下降等，都会直接影响到工作、生活。建议平时注意用眼卫生，避免长时间近距离用眼，也可以多摄入含维生素A的食物，如胡萝卜、猪肝、枸杞等，以缓解眼部的疲劳。