滤泡性结膜炎可应用抗生素类滴眼液，配合激素类滴眼液或非甾体类滴眼液治疗。常用的抗生素类滴眼液包括妥布霉素滴眼液、左氧氟沙星滴眼液等，激素类滴眼液包括氟米龙滴眼液、妥布霉素地塞米松滴眼液等，非甾体类滴眼液包括双氯芬酸钠滴眼液、普拉洛芬滴眼液等，但不仅限于这几种。
一、抗生素类滴眼液：
1、妥布霉素滴眼液：通常可以治疗敏感细菌导致的外眼局部感染，以及眼部附属器的局部感染，对滤泡性结膜炎的治疗效果较好，但肾功能不全、肝功能异常、前庭功能异常、重症肌无力的患者慎用，孕妇和哺乳期妇女禁用；
2、左氧氟沙星滴眼液：通常可以治疗葡萄球菌属、链球菌属、肺炎球菌感染导致的眼部疾病，对于滤泡性结膜炎作用较好，但需要注意对氧氟沙星及喹喏酮类抗菌制剂过敏的患者禁用。
二、激素类滴眼液：
1、氟米龙滴眼液：通常可以治疗外眼部及前眼部的炎症性疾病，如眼睑炎、结膜炎、角膜炎、巩膜炎等，但需要注意氟米龙滴眼液只可做滴眼用，不可通过其他途径给药，且儿童和孕妇要慎用；
2、妥布霉素地塞米松滴眼液：可用于眼睑、球结膜等感染性结膜炎等炎性疾病，能够减轻水肿和炎症反应，但对妥布霉素地塞米松滴眼液过敏者禁用。
三、非甾体类滴眼液：
1、双氯芬酸钠滴眼液：通常可以用于治疗葡萄膜炎、结膜炎、巩膜炎等眼部炎症，可以抑制角膜新生血管的形成，但对双氯芬酸钠滴眼液过敏者禁用，儿童和孕妇慎用；
2、普拉洛芬滴眼液：可以用于外眼以及眼前节炎症，如眼睑炎、结膜炎、角膜炎、巩膜炎等，应用时患者需要注意药瓶前端不要接触眼睛，对普拉洛芬过敏的患者禁用。
导致滤泡性结膜炎的原因目前尚不明确，检查时可发现在下睑穹隆及下睑结膜有大小均匀、排列整齐的滤泡，滤泡没有融合倾向，有时可见有结膜充血且有分泌物，但结膜不肥厚。患者出现滤泡性结膜炎时应及时就诊治疗，治疗期间要注意私人物品隔离，防止传染给家属。