一般情况下，头孢氨苄甲氧苄啶胶囊对扁桃体发炎有一定的治疗效果。头孢氨苄甲氧苄啶胶囊属于复方药物，其主要成分为头孢氨苄、甲氧苄啶等。其中头孢氨苄属于头孢类抗生素，通常可对肺炎链球菌、溶血性链球菌或部分葡萄球菌有一定的杀菌、抑菌作用。而甲氧苄啶属于抑菌药物，可通过干扰或抑制细菌的叶酸代谢，从而致使细菌的生长和繁殖受到抑制，达到抑菌效果。
故头孢氨苄甲氧苄啶胶囊通常对耐青霉素的链球菌、肺炎球菌、大肠杆菌，以及葡萄球菌等细菌具有一定的抑菌或杀菌效果，临床上常用于治疗敏感菌引起的呼吸道感染或泌尿系统、胃肠道等部位的感染。由于扁桃体发炎属于呼吸道疾病，且致病菌可能为链球菌或葡萄球菌，故头孢氨苄甲氧苄啶胶囊对其有一定的治疗效果。但因头孢氨苄甲氧苄啶胶囊可能存在一定的不良反应或副作用，故建议人群不要自行服药，应严格遵医嘱或按照药物说明书使用。若机体对该药物过敏，则应避免服用，以免诱发过敏反应。