梅毒的潜伏期较少超过6周，艾滋病潜伏期则与感染的病毒亚型有关，典型的B亚型，潜伏期为8-10年，国内主要流行株，如CRF01-AE亚型，潜伏期则显著缩短。
1、梅毒：潜伏期与接种的梅毒螺旋体数量成反比，潜伏期较少超过6周。但需要注意，梅毒感染并不一定表现出典型原发性疾病，免疫状态和接种量差异都可以导致临床表现不同。如果免疫力比较强，感染梅毒螺旋体数量较少，发病时间可能就长，反之则比较短，因此是否感染梅毒仍应以血清学检测结果作为参考；
2、艾滋病：感染艾滋病病毒后，会经历急性感染期、慢性感染期、艾滋病期，慢性感染期也被称为潜伏期，期间由于HIV活跃复制，CD4细胞计数会渐进性下降，当CD4细胞计数低于200个/微升时，则潜伏期结束，进入艾滋病期，一般潜伏期为8-10年。另外，HIV不同亚型以及宿主抵抗力均影响疾病进展，整体而言病毒复制越活跃进展越快，部分亚型比其它亚型对CD4细胞的影响更为显著，如循环亚型CRF01-AE可以介导CD4细胞融合，从感染到发病期则显著缩短，可能不到8年。